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定义不同：微生物菌剂是指目标微生物经过繁殖后，利用多孔物质吸附菌体的发酵液加工制成的活菌制剂，生物有机肥是指特定微生物与经过无害化处理和腐熟的有机物料复合而成的兼具微生物肥、有机肥效应的肥料。
特点不同：微生物菌剂本身不含养分，它通过微生物的代谢活动促进化肥、有机肥的释放，生物有机肥养分齐全，富含有机质，可提供多种营养。
一、定义不同
1、微生物菌剂：是指目标微生物（有效菌）经过工业化生产扩繁后，利用多孔的物质吸附菌体的发酵液加工制成的活菌制剂。
2、生物有机肥：是指特定功能微生物与主要以动植物残体（比如畜禽粪便、农作物秸秆）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
二、特点不同
1、微生物菌剂：本身不具备养分，它是作为微生物的载体，通过微生物的生理代谢活动促进土壤中的化肥、有机肥、矿物质养分的释放。
2、生物有机肥：养分齐全，有机质含量高，可为作物提供多种营养。
三、作用不同
1、微生物菌剂：可分解土壤中不能被作物直接吸收的营养元素，提高肥料的利用率，减少资源浪费。
2、生物有机肥：能缓解长期使用化肥造成的土壤板结，改善土壤理化性状，其中的有益微生物可抑制有害病原菌的繁衍。
生物菌肥和有机肥区别
生物有机肥属于有机肥一种，但是明显区别于生物菌肥。
价格不一样，生物菌肥价格明显高于生物有机肥价格。
生物菌肥是通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用，而生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放。
生物有机肥是在功能菌生活的环境下产生有机质，适合一般性土壤环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌有其自身的要求，对有的土壤环境不太适合。
微生物菌剂含有氮磷钾大量元素和部分有机质，主要是添加了微生物活性菌种，有机肥只含有有机质和部分大量元素。
有机肥和生物菌肥是2种完全不同的“肥料”。
有机肥主要在于通过有机质来改善土壤质地，也具有一定肥力。而生物菌肥关键是“菌”。下面明确说明两者的区别。
有机肥
专指以各种动物废弃物（包括动物粪便；动物加工废弃物）和植物残体（饼肥类；作物秸秆；落叶；枯枝；草炭等）为原材料，采用物理、化学、生物或三者兼有的处理技术，经过一定的加工工艺（包括但不限于堆制；高温；厌氧等），消除其中的有害物质（病原菌、病虫卵害、杂草种籽等）达到无害化标准而形成的，符合国家相关标准（NY 525-2012）及法规的一类肥料。
有机肥经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工之后，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。
生物菌肥
生物菌肥是近几年出现的一种新型的生物“肥料”，虽然叫做菌肥，但是其本质不是肥，只是通过一些工厂的手段培养的一些在土壤中有利于土壤和作物的有益菌类。
分类
有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等；
分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷细菌和复合细菌等；
分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等；
促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等；
抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等。
优势
三种以上多种复合菌相互促进、相互补充，抗土传病害效果远远大于单一菌种。有益菌群相互协同，共同作用，能使作物达到高产丰产的效果。
提高作物产量
改善作物品质
增强作物抗逆性
提高化肥利用率
改善土壤环境
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